Beköszöntő

Új kurzus

A kurzus bevezet a teljes genomok tanulmányozásának során használt bioinformatikai módszerek alkalmazásába, bakteriális genomok de novo annotálásán keresztül. A tárgy keretében egy újonnan szekvenált genomot vizsgálunk meg különböző szempontok szerint. A hallgatók párokban, irányított számítógépes laborfoglalkozás keretében egy-egy géncsoportot vagy genom-részt vizsgálnak meg hetente (1 óra témába vágó előadás után 2 óra hands-on gyakorlat), amit folyamatosan vezetett jegyzőkönyvben dokumentálnak.

Regisztráció

A kurzus fenn van az ETR (szágenann0-1, szágenannbsc0-1, …) és a CooSpace rendszerben, két ötfelé vágva B.Sc. és Masters+ szintekre.

Órarend: szerdánként 10-13 vagy 17-20, feliratkozás szerint.

Első alkalom: február 10. szerda, 10 óra vagy 17 óra.

Miért?

A modern biológia elképzelhetetlen számítógépek használata nélkül. Az új és egyre újabb technológiák hatalmas adattömegeket generálnak, amit csak gépi segítséggel lehet elemezni. Egy organizmus felépítését, működését alapvetően a genomja határozza meg, így a DNS-ben található funkcionális és struktűrális elemek keresése, a hozzájuk tartozó lényeges információk összegyűjtése, egyszóval a genom annotációja rendszerezi az organizmusra vonatkozó molekuláris biológiai ismereteinket. Egy genom annotációjához a számítógépes molekuláris biológia sok és változatos területére van szükség. A kurzus ezért pompás lehetőséget ad alapvető bioinformatikai metódusok megismerésére, illetve a molekuláris biológiai, genetikai, sőt rendszertani és sejtbiológiai alapfogalmak közös kontextusba helyezésére. Továbbá, mivel eddig nem szekvenált genomokkal fogunk dolgozni, a tanulás direkt tudományos felfedezőmunkát jelent.

Hasonló szellemű, a hagyományos tantárgyi felosztásokon keresztülívelő kurzusokat már több helyen fejlesztettek ki a világban. Mi legfőképp az USA Joint Genome Institute mikrobiális genom-annotációs hálózatának tapasztalataira építünk, amit számos amerikai egyetemen (kisebbeken és nagyobbakon) eredményesen illesztettek be a képzésbe: ld. Ditty et al. “Incorporating genomics and bioinformatics across the life sciences curriculum” PLoS Biology 8(8):e1000448, 2010 🔓DOI:10.1371/journal.pbio.1000448.

 

Reklámok

Vélemény, hozzászólás?

Adatok megadása vagy bejelentkezés valamelyik ikonnal:

WordPress.com Logo

Hozzászólhat a WordPress.com felhasználói fiók használatával. Kilépés / Módosítás )

Twitter kép

Hozzászólhat a Twitter felhasználói fiók használatával. Kilépés / Módosítás )

Facebook kép

Hozzászólhat a Facebook felhasználói fiók használatával. Kilépés / Módosítás )

Google+ kép

Hozzászólhat a Google+ felhasználói fiók használatával. Kilépés / Módosítás )

Kapcsolódás: %s